Yksilöllinen syövänhoito edellyttää huipputarkkaa diagnostiikkaa

FIMMin diagnostisten menetelmien kehittämisestä vastaavaksi tutkimusjohtajaksi nimitetty dosentti Johan Lundin rakentaa tutkimusinfrastruktuuria, joka nostaa syövän diagnostiikan ja hoidon suunnittelun aivan uudelle tasolle.

— Jokainen syöpä on ainutlaatuinen. Syöpäsairauden ominaisuuksien analysointiin tarvitaan tarkat ja tehokkaat välineet, jotta lääkärit voivat suunnitella kuhunkin syöpään täsmällisen hoidon, Johan Lundin sanoo.

Lundin on tutkijanuransa aikana ehtinyt jo kehittää useita sellaisia menetelmiä ja välineitä, joita voidaan hyödyntää yksilöllisessä sairauksien hoidossa. Nyt hänen tavoitteena on rakentaa FIMMiin infrastruktuuri ja tietojärjestelmä, jotka mahdollistavat kaikkien diagnostisten työkalujen tehokkaan hyödyntämisen.

Tutkijoiden ja hoitavien lääkärien käyttöön tuleva kolmivaiheinen syövän analysointityökalu sisältää digitaalisen kudosarkiston, kudosnäytetiedot sekä tiedon visualisointiin tarkoitetun ohjelmiston.  

— Meillä on mahdollisuus saada valtava määrä tietoa kunkin kasvaimen geeneistä ja molekyylien ominaisuuksista. Kun nämä tiedot yhdistetään sairaalan seuranta- ja hoitotietoihin, saadaan tarkempi taudin ennuste ja arvio hoidon vaikutuksista. FIMM tuo yksilöllisen tautiprofiilin jäsenneltynä ja tiivistettynä syöpää hoitavien lääkäreiden käyttöön.

Järjestelmä perustuu Lundinin tutkimusryhmän kehittämään Prognomics -sovellukseen, joka yhdistää kerättyjen tietokantojen tiedot. Prognomics hakee syöpäkudokseltaan ja potilastiedoiltaan samankaltaiset syöpätapaukset yli viiden miljoonan yksilön tietokannasta. Useat tutkimusryhmät ovat jo testanneet uutta menetelmää.

Kokonaisuuteen kuuluva tärkeä väline on Lundinin tutkimusryhmän yhdessä Tampereen yliopiston kanssa kehittämä webmikroskooppi, joka mahdollistaa laajojen näytesarjojen analysoinnin digitaalimikroskooppikuvista. Parhaillaan Lundin kehittää yhdessä Oulun yliopiston kanssa konenäköön ja uuteen mikroskooppiteknologiaan perustuvaa etädiagnostiikkajärjestelmää.

Helsingin yliopiston bioinformatiikan dosentti Johan Lundin on syöpämerkkiaineiden tutkija ja perehtynyt mikroskooppiseen kuvantamiseen, biopankkeihin ja biostatistiikkaan. Hän on työskennellyt FIMMissä vanhempana tutkijana vuodesta 2009 lähtien. Lisäksi hän työskentelee Tukholman Karoliinisessa instituutissa ja Helsingin yliopistollisessa sairaalassa.

 

Teksti: Päivi Lehtinen
Kuva: Visa Noronen

Monikosketusnäytöstä kehkeytyi uudenlainen mikroskooppi

Webmikroskopia avuksi taistelussa trooppisia tauteja vastaan

Tuhat patologia tutkii samaa kudosnäytettä

Mikroskooppinäytteet digimuotoon ja internetiin